（1）在取得增值税进项专用发票后，应在90天内认证，认证后的进项发票方可抵扣，现在都是网上认证的，进入国税局网站，下栽一个网上认证的软件，所在的国税局会给一密钥安装，再通过扫描仪将发票扫描传上去发送到国税局，片刻就可以得到认证的回复。
（2）只有通过认证的发票进项税方可以抵扣。另外，非增值税专用发票的抵扣如：运输发票（7%抵扣），海关进口增值税发票的抵扣不能直接在网上认证，但需要采集数据，采集数据的方法也是在国税局网站下栽一个税务数据采集通用软件，将数据输入用U盘拷贝，在报税时带到国税局去抵扣。
（3）报税流程，现在一般都是在网上申报。但需要把报税资料送到税务局：
① 一般（1～10日）每月初为抄税期，抄税很简单，现在都是税控机开票，将金税卡插到与税控机连接的电脑上，打开开票软件点击抄税就可以了。
② 将进项税和销售发票清单打印出来：进项是从认证已经通过时打印，销售发票清单是从税控机中打印。
③ 根据打印清单填写各种报表，同时要有申报月份的会计报表。