中国矮马来源于三趾马或古代一种矮小的野马，如云南野马。作为第 4纪早期的代表动物， 云南野马化石属于早更新世时 ， 分布广 ， 出土量大 至晚更新世时 ， 云南野马逐渐衰落灭绝。 后者认为起源于北方，随古羌人南迁而来。
通过矮马与普通马体质外貌、体尺结构比较认为， 矮马的体尺变化是普通西南马的 “缩小”。受自然选择、遗传漂变、近交繁殖的影响，逐代积累 ， 遗传分化成为现代矮马的特征 。
同时 ， 以成年体高106 cm以下作为矮马的标准是人为确定的，它是一个连续的呈正态分布的数量性状， 中国矮马则正是处在西南马下限那些低矮的马 。
一是矮马是由史前马进化中分离出的一支群体。5800 万年前， 始祖马只有猫那样大小 进化到三趾马时， 体高已达到100～120cm 再从三趾马进化到单趾马时， 体高已经有130cm
二是矮马来自三趾马的学说， 据考证， 三趾马曾广泛分布在中国的黄河流域、长江流域。三趾马化石的出土地方， 许多又是今天中国矮马分布区。这一重合使一部分学者认为矮马来自三趾马
三是矮马与西南马共源说，持这种观点的学者通过两种马的体质和体尺结构的对比