原作里没有明说，但是M3以后已经算是默认知道。
M3世纪末的魔术师和漫画卷20的魔术爱好者聚会的事件应该是有所暗示的。
顺一下时间线：
基德第一次出现在柯南片场是1997年4月发表的156话，并且让小兰看到了和新一长得很像的高中生（也就是快斗）
一周后的416是M1公映。
1998年1月29日发表192话，基德第二次出现在柯南本篇中，也就是魔术爱好者事件。同年4月M2上映。众所周知，柯南剧场版每次结束后都会立即宣布下一部已经制作决定，可以猜测M3的选材和青山已经展开探讨和前期准备。
1999年4月，魔术快斗发表漆黑之星篇，基德与新一本体对决（就是TV动画黄昏之馆前半的故事），之后就是M3上映。也就是说通过作者和官方都向观众正式提出了“基德（快斗）长得和新一极其相似”这歌设定（虽然初登场就有所提及）至于为什么像73说是有原因的，还没说。
漫画中1996年10月的131（卷14）-1999年6月（危命的复活篇），小兰事实上都处于一种怀疑观察并认定柯南=新一的过程中，只是没开口。同时这期间的读者和观众也在不断猜测小兰的态度，并且在M3中体现了出来。
卷16.基德和柯南初次见面。基德称呼他是“小朋友”，并且评论了二人的关系。
之后在铃木游轮上基德易容了小兰。根据魔术快斗的设定，快斗每次行动前会对易容对象进行一番调查，查到小兰身边的柯南是很自然的。至于他对这“不普通的小朋友”查到什么程度这点没说。
原版的称呼：初次见面不是喊小子就是侦探君。
20卷的魔术爱好者事件，柯南通过园子完成推理后，依然是“侦探君”。
但是临走前的称呼改成了名侦探｛大侦探）
这个事件柯南的操作是把传声器贴在园子身后的树上完成。在场的人都以为是园子解决时间，基德本人还称呼为“园子大侦探”。
可是和柯南二人单独对话时却说，自己本职不是侦探，柯南又重感冒影响查案，所以没有来得及阻止这起命案。言下之意他知道这个事件实际解决者是柯南。
这能说明：他知道柯南具有超常的推理能力，有模仿他人声线的技术。被模仿的人会“沉睡”
不确定的：沉睡的小五郎背后是柯南。柯南的真实身份。
之后的一次出场就是卷30的黄昏之馆。基德看到柯南有麻醉针手表毫不惊讶。可以推测他知道柯南使人昏睡的手段是用手表工具。（他自己就经常把人弄睡着应该业务熟练）
其他还有的
卷55.回忆中快斗小时候见过有希子。著名女演员有希子嫁给小说家工藤优作生了个儿子叫工藤新一，是高中生侦探，目前销声匿迹。这是只要调查一下很容易得到的信息。
所以基德在调查小兰的事情时结合柯南超常的推理能力从而推测柯南和新一的关系也是可以的。
虽然目前漫画里完全没有明确阐述基德是不是知道这件事，又是怎么知道的。应该是因为这个剧情不方便在本篇中从正面角度用详细的篇幅表达出来，所以干脆含糊其辞，反正大多观众默认基德已经知道了。如果73以后非要说他还不知道也还有余地，但是可能性非常低。基德和柯南本篇的关系估计会一直这么神神秘秘含糊下去。