中国最早的自然博物馆，是法国天主教传教士于1868在上海徐家汇创办的自然历史博物馆(原称徐家汇博物院)，收藏以动物标本为主。1905年上海自强学会会员张謇在江苏南通创办的"南通博物苑"(自然之部)是中国自建的第一个自然博物馆。抗日战争以前，中国共有200多个各类博物馆，属于自然博物馆性质的约有30个。中华人民共和国成立后博物馆事业迅速发展，到1986年，全国博物馆的总数已近900个，其中属于自然博物馆性质的有400多个。北京、上海、天津等许多大城市都有了规模较大的"自然博物馆"或在博物馆内成立了"自然之部"。此外，还新建了一些专业性的自然科学博物馆，如四川自贡的"恐龙博物馆"及各省的地质、矿物博物馆等。