区别是职责不同：代建单位的主要职责是协助项目法人或者受项目法人委托，组织编制招标文件，完成勘察设计、施工、监理、材料设备供应等招标工作建设单位的主要职责是负责建设工程项目工程档案和资料的管理工作，并设专人进行收集、整理和归档。建设单位的具体职责是：1、负责组织、监督和检查参建单位工程资料的形成、积累和立卷归档工作2、委托监理单位检查工程资料的立卷归档工作3、对规程规定应签认的工程资料签署意见。
建设单位是实际施工的，负责工地建设的单位，代建单位是指有些小的开发商为了好销售，提高楼盘溢价，会选择知名度和口碑好的企业负责代建，实际销售还属于原开发商。
建设单位与代建单位的区别:(1)从性质上看，代建单位是由建设单位委托进行工程项目管理的企业法人而建设单位则是负责该工程项目的投资主体和所有者，在施工过程中处于主导地位，具有决策权、选择权和监督权等职能，并且对代建单位承担全部风险及连带责任而代建单位一般只需要按照合同约定履行义务即可，无须承担风险，不必拥有工程产权或使用权，也没有最终支配权利，仅以获取收益为目的
(2)从关系上看，代建单位与建设单位之间形成了委托-代理关系，但二者存在着根本的区别:首先，建设单位作为投资方是工程实际的所有者，其基于特殊身份对工程项目享有所有权，而代建单位只是受建设单位委托，对该工程项目行使管理职能，其所持有的是建筑物的产权证书其次，建设单位虽然在整个工程建设过程中起到主导作用，但这种主导作用应当通过相应的民事法律关系来表现出来，如签订建设工程施工合同、办理施工许可证等而代建单位既非建设单位，又非施工单位，它在建设工程施工活动中只是充当一个“管家”角色，对工程的质量安全、进度造价、文明施工等进行协调管理，而这些均不属于民事法律范畴。因此不会引发民事法律纠纷再次，建设单位对工程建设的主导作用是为了实现自己的经济利益，但代建单位并不参与工程的实际建设，更谈不上分享工程利润，也就不存在违反民事法律规定的问题最后，在建设单位与代建单位之间，还涉及到政府部门之间的行政管理关系，如果说代建单位与建设单位之间是一种管理与被管理的关系，那么建设单位与政府主管部门之间便是一种指挥与服从的关系，代建单位的日常运营、资金使用、工程款结算都离不开政府的指令，因此双方之间的关系十分密切，这也是各级政府对待代建制的态度发生转变的原因之一(3)从内容上看，建设单位与代建单位之间的关系不是一种简单的委托-代理关系，而是一种混合契约关系，即建设单位与代建单位之间的合同关系既包括了代建单位向建设单位提供劳务的劳动合同关系，也包含了代建单位与建设单位共同商议确定工程造价、确认工程价款、工程验收交付等重大事宜的联营合同关系。