1、科属不同
岩原鲤，为鲤科原鲤属的鱼类，俗名水子、黑鲤鱼、岩鲤、墨鲤，是中国的特有物种。为鲤形目，鲤科，原鲤属。
鲤鱼，中文别名鲤拐子、鲤子、毛子，红鱼。是鲤形目，鲤科，鲤属的褐色鱼。
2、形态特征不同
岩原鲤，体侧扁，呈菱形，背部隆起成弧形，腹部圆。头小，呈圆锥形，吻较尖，吻长小于眼后头长。口亚下位，呈马蹄形唇厚，唇上有不大明显的乳头状突起，小鱼则完全没有。须2对，后对比前对略长，鱼眼径约等长。眼大。
鲤鱼，鳞有十字纹理，所以名鲤。死后鳞不反白。有从头至尾的胁鳞一道，不论鱼的大小都有三十六鳞，每鳞上有小黑点。身体侧扁而腹部圆，口呈马蹄形，须2对。背鳍基部较长，背鳍和臀鳍均有一根粗壮带锯齿的硬棘。体侧金黄色，尾鳍下叶橙红色。
岩原鲤和普通的鲤鱼在体型方面是差不多的，身体侧扁平的，大部分都是呈菱形，而在背部隆起成弧形，腹部偏圆。并且这种鱼的头部小，呈圆锥形，吻较尖，口亚下位，呈马蹄形，旁边有两对小须。
但是岩原鲤的体色和其他的鲤鱼有较为明显的区别，这种鱼的鱼鳞偏细小且排列紧密，背部的颜色更深，看起来就像是黑色的，因此在民间多叫它黑鲤鱼。